Первая конференция «Университетской гимназия» прошла в марте 1992 года. Это было знаковое событие в российской педагогике. Под сводами «Университетской гимназии» собрались молодые ученые, аспиранты, заслуженные профессора и педагоги, чтобы поговорить о путях и перспективах отечественного образования.
Среди участников первых конференций были Председатель Комитета по образованию, О. Е. Лебедев, организаторы и основатели научно-образовательного объединения «Земля и Вселенная» и Всероссийской научной конференции учащихся «Интеллектуальное возрождение» О. А. Друговейко и А. А. Тронь.
По прошествии уже более 30 лет учебно-методическая секция до сих остается значимым форумом для диалога специалистов в области педагогики. Однако, начиная с 1993 года, в конференции принимают участие обучающиеся гимназии и школьники из регионов России и ближнего зарубежья.
Первоначально участники конференции выступали на секциях с приглашенными учеными. Подобная практика позволяла юным исследователям ощутить себя на равных с заслуженными учеными, обсудить актуальные вопросы науки. На конференциях в качестве приглашенных гостей участвовали профессор З. И. Урицкий, доктор физико-математических наук Холмогоров В. Е., доктор геолого-минералогических наук Аплонов С. В. Конференцию посещали и зарубежные ученные, в 1997 году в конференции принял участие датский психолог Бьорк Токе – директор центра психологической и социальной реабилитации г. Свендборга.
Для гимназистов конференция стала площадкой для апробации своих исследований. Следующим шагом стали выступления на международных форумах и победы в зарубежных конкурсах. Традиционным поощрением для победителей и призеров были книги.
Благодаря конференции, Академическая гимназия активно развивала контакты с образовательными центрами Москвы, Екатеринбурга, Новосибирска, регионами Северо-Запада, Северного Кавказа и Заполярья.
Для участников организовывалась культурная программа: посещение театров, музеев, экскурсий, интеллектуальные и творческие конкурсы. Благодарственные письма гостей гимназии с описанием своих впечатлений от участия в конференции до сих пор хранятся в нашем музее.
Более 30 лет конференция способствует формированию основ научно-исследовательской деятельности одаренных школьников, а также совместной научно-методической деятельности преподавателей, партнеров и экспертов.
В 2024 году в конференции приняли участие 130 школьников страны. По итогам конференции опубликован сборник тезисов.
Доклады школьников оценивает профессиональное жюри, в составе которого входят профессора и преподаватели Санкт-Петербургского государственного университета и других ведущих вузов России, опытные преподаватели гимназии, эксперты из других образовательных организаций.
По итогам конференции лучшие доклады были отмечены дипломами, а также призами по номинациям.